8 липня 1941 року німецькі війська окупували Проскурів. Як зазначає місцевий історик і краєзнавець Сергій Єсюнін, цього дня до міста увійшли бійці 1-ї гірської дивізії Едельвейс, яких називали гірським єгерями (Gebirgsjager). На їх честь окупаційна влада перейменувала тодішню вулицю Карла Маркса (нині Подільська — авт.). Про цей факт свідчить фотографія 1941 року, на якій зображено будинок з назвою Єгер штрассе (Jager Strasse).
У передмісті Ракове нацисти облаштували табір особливого режиму для військовополонених «Шталаг 355». У ньому за часи окупації вбили 60 тисяч людей. До того ж, у Проскурові було проведено масові розстріли місцевого населення. Від німецьких куль загинуло орієнтовно 16 тисяч 570 безвинних проскурівчан. Як наслідок окупації, з перших місяців приходу нацистів у місті діяла антифашистська підпільна організація, яку очолював Микола Храновський.
Намагаючись отримати підтримку місцевого населення, нацисти загравали з релігійними почуттями людей. Наприклад, після окупації міста вони дозволи відкривати храми й проводити богослужіння. На Поділлі Українську Автономну Православну Церкву очолив єпископ Дамаскін, а настоятелем Проскурівської парафії став протоієрей Микола Скрипник. Під опікою останнього в Проскурові з листопада 1941 року відновила службу Покровська церква.
Німецька окупація Проскурова тривала до 25 березня 1944 року.